Wie allen ausleitenden Verfahren liegt auch dem Baunscheidtieren das Konzept der Humoralpathologie zugrunde. Diese basiert auf der Vorstellung, dass die Körperfunktionen von den vier Säften Blut, Schleim, schwarze und gelbe Galle gesteuert werden. Ihnen werden bestimmte Eigenschaften wie Hitze und Trockenheit bei der gelben Galle oder Kälte und Feuchtigkeit bei Schleim zugeordnet, je nach Konstitution überwiegt beim Einzelnen meist einer dieser Säfte und begründet den Typus des Individuums, was bei Massnahmen zur Gesunderhaltung und im Krankheitsfall berücksichtigt wird. Die klassischen Typen, die aus der Humorallehre hervorgegangen sind, sind bis heute unter den Begriffen Choleriker, Phlegmatiker, Melancholiker und Sanguiniker bekannt. Die Ausgewogenheit der vier Säfte (Eukrasie) ist die wichtigste Voraussetzung für Gesundheit, Krankheiten entstehen aufgrund einer falschen Mischung der vier Körpersäfte (Dyskrasie). Dieses Ungleichgewicht kann beseitigt werden, indem man überflüssige Säfte nach aussen ableitet. Dies geschieht entweder über die Haut oder über andere Organe wie den Darm oder die Nieren. Darüber hinaus zielen die Behandlungen auf eine Anregung des Immunsystems und eine Aktivierung der Selbstheilungskräfte des Körpers ab. Das Baunscheidtieren ist auch eine Reiztherapie, bei der man sich das Prinzip der Reflexzonen zu Nutze macht: Verschiedene Hautbereiche, sogenannte Head-Zonen, sind über Nervenbahnen mit bestimmten inneren Organen verbunden. Aufgrund dieser Nervenverbindungen können Störungen eines inneren Organs reflexartig Schmerzen oder Veränderungen (Überempfindlichkeit, Eindellungen, Quellungen) in dem zugehörigen Hautareal und dem darunter liegenden Bindegewebe auslösen. Diese Verbindung nutzt man bei den Reiz- oder Reflextherapien in umgekehrter Richtung: Übt man mechanisch oder mit Wärme oder Medikamenten einen Reiz auf ein bestimmtes Hautgebiet aus, so beeinflusst man auf diese Weise auch das mit diesem Hautbereich verbundene erkrankte Organ. Beim Baunscheidtieren wird durch die Reizung der Haut sowohl die lokale Durchblutung angeregt als auch die Durchblutung der inneren Organe, die mit den behandelten Hautsegmenten reflektorisch verbunden sind. Dadurch sollen Schmerzen gelindert und die inneren Organe gestärkt werden.